Il est le second fils d'Antoine Favre de Vaugelas, président du Sénat de Savoie et baron de Pérouges. Il nait au Clos Vaugelas dans la paroisse de Meximieux en un temps où la Bresse faisait partie du duché de Savoie

Il a vécu à Paris et s’est attaché, en qualité de gentilhomme ordinaire, à Gaston d'Orléans dont il fut un des chambellans. Parlant l'italien et l'espagnol, il a travaillé comme interprète à la cour de Louis XIII.

Il fait partie avec son père, François de Salles et Honoré d'Urfé des créateurs de l'Académie florimontante à Annecy. Il connaissait les règles de la langue française, et parlait le français avec une irréprochable correction. Il a été, en 1643, un des premiers membres de l'Académie française et a travaillé durant quinze années sur le Dictionnaire de l'Académie.  

Il a publié en 1647 un ouvrage, intitulé Remarques sur la langue française, utiles à ceux qui veulent bien parler et bien écrire, dans lequel il cherche à définir et à codifier le bon usage du français. Cet ouvrage a eu un succès considérable.

Il est devenu, vers la fin de sa vie, gouverneur des enfants du prince Thomas de Savoie. Il est mort dans la souffrance, tourmenté par un abscès à l'estomac.